O voto do ministro Alexandre de Moraes no processo envolvendo Filipe Martins tem sido alvo de críticas por parte da defesa e de aliados do ex-assessor, que apontam supostas inconsistências na fundamentação apresentada. Segundo esses críticos, o ministro teria desconsiderado trechos de provas e depoimentos que, na avaliação deles, afastariam a existência de dolo e a participação de Martins em reuniões com comandantes militares.

Entre os pontos levantados estão a menção a uma proposta de discurso que afirmaria explicitamente não haver contestação das eleições, além de depoimentos de testemunhas de acusação — como o general Freire Gomes e o brigadeiro Baptista Jr. — que teriam declarado que Martins não participou de reuniões relevantes. Também são citadas declarações de Jair Bolsonaro e de ex-ministros militares no mesmo sentido, bem como questionamentos sobre a centralidade da delação de Mauro Cid e registros de entrada considerados controversos pela defesa.

Os críticos ainda afirmam que o voto reconheceria a inexistência, nos autos, da chamada minuta atribuída a Filipe Martins e admitiria possíveis irregularidades na prisão preventiva, sem que isso alterasse a conclusão do julgamento. O caso tem provocado debates entre juristas e observadores políticos sobre a valoração das provas, os limites da prisão preventiva e o papel das instâncias de controle, enquanto o Supremo Tribunal Federal não se manifestou especificamente sobre as críticas públicas ao voto.